O governo da Igreja Ortodoxa está distribuído entre todos os bispos. Os ortodoxos creem que o bispo de Roma, nos primeiros séculos, possuía apenas um primado de honra, de origem eclesiástica e não divina.
Para os ortodoxos, é possível chamar São Pedro de primeiro, mas um "primeiro entre iguais". Os apóstolos possuíam igual poder e autoridade, e todos receberam as chaves do reino dos céus (Mat. 18:17-18, Jo. 20:22-23). Além disso, nenhum bispo é considerado sucessor exclusivo de Pedro.
Para a Igreja Católica, o primado do bispo romano é divino e implica uma autoridade suprema, infalível (em certas circunstâncias) e acima dos concílios.
2. A mudança do Credo com a expressão filioque
Os ortodoxos creem que a formulação original do Credo Niceno ("Creio no Espírito Santo, Senhor e Fonte de Vida, que procede do Pai, e com o Pai e o Filho é adorado e glorificado...") é inalterável.
Já a Igreja Romana adota, desde o século XI, o acréscimo da expressão filioque ("e do Filho"), indicando que o Espírito Santo procede também do Filho. Anteriormente, a adição havia sido proibida pelos papas Leão III (795-816) e João VIII (872-882).
Segundo o bispo ortodoxo Kallistos Ware, em The Orthodox Church:
Uma vez que a doutrina sobre a Trindade é o cerne da fé cristã, uma pequena mudança de ênfase na teologia trinitária tem conseqüências enormes em muitos outros campos. O filioque... destrói o equilíbrio entre as três pessoas da Trindade. Esta é uma visão regular da ortodoxia sobre o filioque; deve-se notar, no entanto, que certos teólogos ortodoxos consideram o filioque apenas um acréscimo não autorizado ao Credo, não necessariamente herético por si só.
3. Purgatório e indulgências
Os ortodoxos oram pelos mortos, porém não creem na existência de penas temporais a serem pagas pelos pecados. Para a Igreja Ortodoxa, as penitências impostas pelo confessor tem uma função pedagógica e purificadora, e não de "satisfação da justiça". Por isso, também não existe o perdão de penas temporais (indulgências).
Para a Igreja Católica, o pecado cometido após o batismo deixa penas temporais a serem pagas (nesta vida ou no purgatório). E a Igreja pode conceder, com base nos méritos de Cristo e dos santos, a remissão dessas penas, a qual pode ser plenária (total) ou parcial.
De acordo com o Pe. Andrew Damick, em Orthodoxy and Heterodoxy:
A Ortodoxia concorda que há certa purgação necessária para as almas que se destinam ao céu, mas esta experiência nunca foi codificada num modelo temporal de anos de sofrimento, empregada por Roma na doutrina do purgatório. A purificação da alma na medida em que entra no céu também não é entendida como um pagamento a Deus, e nem como uma punição pelos pecados.
4. Graça criada ou incriada
A Igreja Ortodoxa crê que a graça de Deus é uma participação no próprio Deus, ou Sua presença em nós. A graça, para os ortodoxos, é incriada, é o próprio Deus - não em Sua essência, mas em suas energias ou operações (Ele permanece transcendente, embora nós participemos Nele pela graça).
Já para o catolicismo, a graça é uma realidade criada, uma qualidade ou acidente na alma (não o próprio Deus), que de certo modo media a presença de Deus.
Essa diferença - que pode parecer abstrata - tem um grande peso no modo como entendemos a salvação. A Igreja Ortodoxa tende a enfatizar a deificação do ser humano na salvação. Diz Vladimir Lossky em In the Image and Likeness of God:
"Deus se fez homem para que o homem possa se tornar Deus". Estas palavras poderosas, que encontramos pela primeira vez em Santo Irineu, são novamente encontradas nos escritos de Santo Atanásio, São Gregório de Nazianzo e São Gregório de Nissa. Os Pais e os teólogos ortodoxos têm repetido elas em todos os séculos com a mesma ênfase, desejando resumir nesta sentença surpreendente a própria essência do cristianismo: uma inefável descida de Deus até o limite último de nossa condição humana caída, até a morte - uma descida de Deus que abre para os homens um caminho de ascensão, as vistas ilimitadas da união dos seres criados com a Divindade.
A Igreja Ortodoxa administra os sacramentos da crisma (confirmação) e da Eucaristia logo que a pessoa é batizada, ainda que seja um bebê.
No catolicismo, esses sacramentos são adiados até a criança atingir maior entendimento (geralmente a comunhão é dada às crianças e, na adolescência, a crisma). No entanto, os católicos de rito oriental tem autorização para manter o costume ortodoxo.
Para o Pe. Andrew Damick, em Orthodoxy and Heterodoxy:
O adiamento da comunhão é especialmente preocupante para o ortodoxo. Se a criança é batizada, e é um membro da Igreja, por que deve ser negado a ela o sacramento que une todos em um só Corpo [1 Coríntios 10:17]? De certa maneira ela não é verdadeiramente um membro, uma vez que ela é batizada porém imediatamente excomungada.
Além disso, os ortodoxos sempre comungam sob ambas as espécies (de pão e vinho). No catolicismo, os leigos só recebem o pão (no rito latino). Segundo o Pe. Michael Pomazansky, em Teologia Dogmática Ortodoxa:
Na Eucaristia, como aos Apóstolos foram dados na Mística Ceia, assim também deve ser dado aos fiéis não só o Corpo de Cristo, mas também o Sangue de Cristo. "Bebei todos dele," o Salvador ordena (Mt 26:27). "Examine-se pois o homem a si mesmo, e assim coma deste pão e beba desse cálice" (1 Co 10:17). (Isso não é observado na Igreja Latina, onde os leigos são privados do cálice).
Outra diferença na administração desse sacramento é que os ortodoxos sempre celebram a Eucaristia com pão fermentado. Os católicos usam pão ázimo (sem fermento), popularmente chamado de "hóstia".
A Igreja Ortodoxa usa exclusivamente a liturgia tradicional (normalmente a Liturgia de São João Crisóstomo).
O catolicismo, desde o fim dos anos 1960, adota em grande parte uma liturgia reformada e instituída pelo Papa Paulo VI, que é considerado santo pela Igreja Romana. No entanto, algumas comunidades tem autorização para manter a liturgia tradicional (chamada de "Forma Extraordinária").
Na Igreja Ortodoxa, os padres e diáconos podem ser casados (antes da ordenação). Os bispos são celibatários.
No catolicismo, a ordenação de homens casados (no rito latino) não é aceita.
Os ortodoxos não usam estátuas, mas sim ícones (pinturas) de Cristo e dos santos. A arte ortodoxa é menos realista e mais simbólica.
No catolicismo, o uso de estátuas e imagens mais realistas (inclusive de influência renascentista) é amplamente adotado.
9. Divórcio e segundo casamento
A Igreja Ortodoxa admite, em alguns casos, que pessoas divorciadas casem-se novamente, após o cumprimento de uma penitência e como tolerância de um mal menor (através da chamada "economia", do grego oikonomia, que significa uma administração mais flexível de certos princípios por parte da Igreja, para atender situações particulares).
No catolicismo, uma proibição do divórcio é mais estritamente aplicada, não havendo o conceito de "economia". No entanto, a dissolução do casamento é admitida nos casos do chamado "privilégio paulino" (casamento com não-batizado) e "privilégio petrino" (casamento não consumado entre batizados, com autorização papal). Além disso, existem tribunais eclesiásticos para o reconhecimento de nulidades (que ocorrem com certa frequência).
10. Imaculada conceição e Co-Redenção de Maria
A Igreja Ortodoxa não aceita o ensinamento católico romano de que a Virgem Maria foi concebida sem pecado original. De maneira semelhante, o título de "Co-Redentora" é rejeitado.
Já no catolicismo essas doutrinas são consideradas, respectivamente, um dogma de fé e uma tese teológica respeitável.
No entanto, é preciso ressaltar que os ortodoxos veneram Maria como a "Mãe de Deus" (Theotokos) e sempre Virgem.